汇总：机器学习常用数据库、软件及下载链接

NCBI []

NCBI (National Center for Biotechnology Information）是所称加拿大国立人类技术的资讯后来心

EMBL []

欧洲分子人类学科学麻省理工学院EMBL（The European Molecular Biology Laboratory）

DDBJ []

DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界两大DNA 图表库系统之一，与NCBI的GenBank，EMBL的EBI图表库系统共同均是由全球性DNA图表库系统

CNGB []

后来国国家政府图表库系统（China National GeneBank）座落深圳市大鹏经济技术开发区，是声名大噪世界两大图表库系统后来的世界第四大国家政府级图表库系统。它是后来国首个，也是唯一一个国家政府托因组库，一般而言世界另外三个托因组库而言，国家政府托因组库样本保存的规模、存储量和可访问的图表量皆是世界最大。

BIGD []

后来国国家政府托因组组科学图表后来心 生命与健康大图表后来心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

miRBase []

piRNAbank []

piRNAbank []

SILVA []

LncRNAdb []

激肽人类

LncRNAwiki [_Page]

全人类长非编码方式RNA图表库系统

Rfam[]

类似于Pfam的RNA家系系正文图表库系统

Human protein atlas [ ]

人体蛋白内在蛋白、该组织、病理条件下的理解

Pfam []

Pfam是RNA家系系的图表库系统，以外使用隐马尔可夫数学方法生成的正文和多核糖托因组序列。

SwissProt []

手动正文的非冗余蛋白内核糖图表库系统

UniProt [ ]

PIR []

Antibodies []

BRENDA [ ]

HPRD []

InterPro []

通过整合多个蛋白内系统性图表库系统，提供了一个方便的对蛋白内核糖顺利进行适应性正文的平台，以外对RNA家系系、形态域、适应性肽链的预见

iProClass []

PRF []

REBASE []

PDB []

通过科学实验测定的形态

SCOP []

CATH []

PSI []

PROSITE []

最全面

Pfam []

最从业者

ProDom []

CCD []

Prints []

SMART [ ]

TIGRFAM []

STRING []

DIP []

科学实验的测试的蛋白内相互抑制作用图表库系统

BioGRID [] ：

IntAct [ ]

MapMan：一个适应性强大的代谢途径查看和编辑的软件

KEGG []

GO []

NCBI BioSystems []

IMP []

plantCyc []

MANET [ ]

MetaNetX [ ]

MataboLights []

HMDB []

YMDB []

ECMDB []

Planteome []

dbGaP []

IPPN []

GeneCard []

Gene Wiki[_Wiki ]

Blast []

Interproscan []，

WEGO []

KAAS []

FGENESH []

AUGUSTUS [ ]

GENESCAN []

GeneMark []

Glimmer []

Exon-Intron Graphic Maker []

根据候选托因组的核苷酸和内含子等的资讯绘出托因组形态

Blastp [_TYPE=BlastSearchMaxLINK_LOC=blasthome]

可Skype给与蛋白内形态域的正文和位置的资讯

ArrayExpress [ ]

图表来自EMBL的高通量适应性托因组组学科学实验的图表；

BAR []

在比对托因组适应性时，举例来说常会参考托因组的理解方式，即托因组在植物学相异该组织相异生长发育时期的理解丰度变化。通过Skype比对网站BAR对候托因组顺利进行理解比对。 是一个植物学生信比对森林资源网站，用该网站比对托因组理解时，不仅可以获得托因组理解方式的热图，还可以获得GIS的电子荧光图片，直观展现出托因组在植物学该组织后来的理解位置。

GSDS []

Gene Structure Display Server，托于托因组组正文文件绘出核糖托因组形态等适应性

ProtParam []

蛋白内适应性比对是所称蛋白内的一些物理化学和化学值，如黏度、等电点、和原子均是由、消光分量、同位素、不稳固分量、脂肪族系所称数、亲潮间带。这些值，有效地顺利进行蛋白内的系统性异种科学实验。比如在体外体制（大肠大肠杆菌、发酵等）理解和纯化最终目标蛋白内时，需要考虑蛋白内的黏度、等电点、消光分量、不稳固分量和亲潮间带等。在肽活科学实验后来，也需要根据这些值优化科学实验体制。

Protscale []

蛋白内的亲奉诏潮间带主要由其侧链配体R，如果R只是H或是C、H两要素均是由的话，都是奉诏水的，如果所含水分子侧链配体，如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等，则就是水分子的（亲水的）。奉诏潮间带有嘧啶、脂质、苯骆驼、缬氨酸、乙酰、异乙酰、骆驼和蛋氨酸（谷氨酸）。奉诏潮间带在RNA在表面上，在保持RNA的三级形态上，肽和托质、抗体和抗原间的相互抑制作用等各种非共价键的分子紧密结合不足之处，很强不可忽视抑制作用。

TMHMM []

蛋白内的串连钢形态比对对于预见蛋白内的亚蛋白导向密切系统性。如果很强串连钢形态，蛋白内很可能定座落蛋白后来与凝胶系统性的形态，如蛋白质凝胶、色素体凝胶或细胞内凝胶等内凝胶系统。此外，蛋白内串连钢形态比对对于蛋白内适应性比对也有一定的帮助。比如某蛋白内没有人串连钢形态，但是亚蛋白导向科学实验显示其可定座落凝胶系统性形态，这说明该蛋白内可能通过其他凝胶导向蛋白内招募过去的。

SignalP []

峰顶路径位置为路径肽切割点，峰顶后来的核糖为路径肽

路径肽是所称借助于新小分子的RNA向肠道通路转回的细肽链，常常座落蛋白内的N-末端，负责把RNA借助于到相异钢形态的亚小分子内。编码方式肠道蛋白内的mRNA在翻译时首先小分子N末端的路径肽，它被路径肽鉴别蛋白内(SRP)所鉴别，SRP将多肽携带至多肽上，多肽凝胶上的 SPR 受体鉴别并与之紧密结合。新小分子蛋白内在路径肽借助于下到达多肽内腔，而路径肽则在路径肽肽的抑制作用下被切除。由于它的借助于，新生的就尽可能通过多肽凝胶进入腔内，最终被肠道到胞外。在消化道菌后来理解外源蛋白内时，能用路径肽借助于外源蛋白内导向肠道到胞外，提高蛋白内镁，在激肽理解系统（大肠大肠杆菌、变形虫大肠杆菌等）和激肽理解系统（如毕拔发酵）后来均有领域。

NetPhos []

KinasePhos-2.0 []

RNA羟托化所称由RNA激肽催化的把 ATP 的羟托托转回刚才物RNA残托（赖氨酸、苏氨酸、嘧啶）上的过程，或者在路径抑制作用下紧密结合 GTP（举例来说常以 GTP 过渡到 GDP），是人类体内一种普通的恒定方式，在蛋白路径转导的过程后来起不可忽视抑制作用。在路径超过时通过获得一个或几个羟托集团而被诱导，而在路径逼近时能去除这些集团，从而夺去活性。有时某个路径蛋白内羟托化举例来说常造成下游的蛋白内依次再次发生羟托化，形成羟托化级联加成。

二、人类的资讯学的软件及下载链接：

Clustal:

MEGA:

MAFFT:

Sequence Matrix:

PGDSpider:

DnaSP v6:

Arlequin:

MapMan：

PartitionFinder:

jModelTest:

IQ-TREE:

IQ-TREESkype:

RaxmlGUI:

Mrbayes 3.2.7:

PhyloSuite:

BEAST:

Figtree:

Tracer:

PopART:

Network:

Structure:

CLUMMP:

Distruct:

Migrate-N:

Phylonet: 或